首先，确认企业的会计制度是否已经完整地录入到金蝶系统中。每个企业的会计制度都有其独特的科目体系，确保这些科目在系统中被准确无误地定义是解决问题的第一步。检查所有与损益相关的科目，如主营业务收入、主营业务成本、营业税金及附加等，确保它们都已被正确设置并关联到相应的会计科目表中。

其次，检查是否有遗漏的辅助核算信息。金蝶系统允许对科目进行多种辅助核算，比如部门核算、项目核算等。如果这些辅助信息未填写完整，也可能导致系统无法正确识别相关科目。因此，在设置科目时，务必根据企业的实际业务需求，为相关科目添加必要的辅助核算项。

接下来，查看是否存在跨年数据迁移的问题。如果企业在上一会计年度结束时未能及时完成结转操作，则可能会影响到当前年度的数据准确性。在这种情况下，需要先清理历史数据，确保新旧年度的数据衔接无误后再进行结转操作。

此外，还应该注意系统的版本更新情况。金蝶软件会定期推出新的功能补丁和版本升级，以修复已知问题并提升用户体验。确保你的系统处于最新状态可以帮助避免许多不必要的麻烦。

最后，如果以上方法仍然无法解决问题，可以联系金蝶的技术支持团队寻求帮助。他们拥有丰富的经验和专业的知识，能够为你提供针对性的解决方案。

总之，“金蝶专业版结转损益时显示利润科目不存在或未设置”并非不可克服的难题。通过仔细核对系统设置、完善相关数据以及保持软件更新，大多数情况下都能够顺利解决问题，顺利完成年度财务结转工作。